Etelä-Karjala-instituutti tekee akateemista humanistista ja yhteiskuntatieteellistä tutkimusta, joihin lasketaan kuuluvaksi myös sosiaali- ja terveystieteet, maakuntaa ja sen lähialueita käsittelevistä teemoista. Instituutin erikoisosaaminen kohdistuu raja-alueiden ja erityisesti Etelä-Karjalan ja laajemmin Karjalankannaksen yhteiskunnallisiin sekä kulttuuri- ja ympäristökysymyksiin.
Vaikka tutkimusohjelma kohdistuu lähinnä Etelä-Karjalaan, ohjelmassa käsiteltävät teemat ja ongelmat ovat valtakunnallisesti ja kansainvälisesti merkittäviä, ja tutkimusten teoreettiset sekä metodiset lähtökohdat ovat tieteellisesti kunnianhimoisia ja korkeatasoisia. Tutkimushankkeissa pyritään myös usein monitieteisyyteen.
Instituutin tutkimustoiminnassa hallitsevat kolme päätutkimuslinjaa, jotka ovat raja (kulttuurikonflikti, Venäjä, maahanmuuttajat, kieli), vesi (Saimaa, Vuoksi, Laatokka, ympäristönsuojelu, matkailu) ja identiteetti (maakunta, yliopisto, imago, kieli ja kulttuuri).
Esimerkkejä instituutin tutkijoiden tutkimusaloista: yhteiskuntatutkimus, historia, historiantutkimus, venäjä-osaaminen, venäjän kieli ja kulttuuri, suomen kieli ja kulttuuri, kieli- ja käännöstiede, matkailu, kulttuurien väliset suhteet, maahanmuuttajat, erilaisuus, suvaitsevaisuus, sopeutuminen, kulttuurintutkimus, ympäristöhistoria, taidehistoria, kulttuuriantropologia, mediakulttuuri, ympäristöpolitiikka, arkkitehtuurin historia, rakentamisen historia, kulttuuriympäristö, viestintä, yhteiskuntavastuu.