Etelä-Karjala-instituutti tekee yhteistyötä koulutuksen, tutkimuksen ja kulttuuri- ja sivistyshankkeiden saralla useiden maakunnallisten, kansallisten ja kansainvälisten toimijoiden kanssa.
Instituutti pyrkii käynnistämään tutkimus- ja sivistyshankkeita yhteistyössä Viipurin kirjastojen sekä kaupungissa olevien akateemisten instituutioiden kanssa. Yhteistä tutkimushanketta suunnitellaan Centre for Independent Social Research (Pietari) -tutkimusinstituutin kanssa. Yhteyksiä on luotu myös Petroskoin yliopistoon, Svetogorskiin sekä Karjalankannakselle erityisesti Kivennavalle, Raivolaan ja Jalkalan museoon. Yhteisissä hankkeissa pyritään hahmottamaan esimerkiksi raja-alueen elämää, ihmisten arkikokemuksia sekä erilaisten kulttuurien ja yhteiskuntamuotojen verkottumista.
Suhteita muihin tutkijaverkostoihin luodaan yhteisten tutkimushankkeiden kautta. Instituutti on tällä hetkellä mukana eurooppalaisen Tension of Europe -verkoston toiminnassa, ja osana verkoston toimintaa järjesti suuren kansainvälisen tutkijakongressin Lappeenrannassa vuonna 2006.
Esimerkkejä yhteistyötahoista: Etelä-Karjalan liitto, Etelä-Karjalan kesäyliopisto sekä muut maakunnan yleissivistävän aikuiskoulutuksen organisaatiot, Etelä-Karjalan ammattikorkeakoulu, Etelä-Karjalan ruokakulttuurialan toimijat, Viipurin maakuntakirjasto ja Aalto-kirjasto, Centre for Independent Social Research/Pietari, Petroskoin yliopisto, Etelä-Karjalan ammattikorkeakoulu, EuroCrit-verkosto, Inventing Europe -verkosto, Aleksanteri-instituutti, Imatran ja Lappeenrannan kaupunki, Kansallisarkisto, Museovirasto, Lappeenrannan kaupunki/Etelä-Karjalan museo, Kymenlaakson museo sekä Helsingin yliopisto, Kanta-Imatra Seura, Etelä-Karjalan karjalaisseurat ry, Karjalan liitto, Maasotakoulu, Seurakuntien yliopistotoiminta.