Etelä-Karjala-instituutilla on oma julkaisu- ja raporttisarja, joissa julkaistaan tutkimuksia, artikkelikokoelmia ja selvityksiä. Sarjoja on julkaistu vuodesta 2004 lähtien, pääosin suomenkielisinä. Osasta julkaisuja on saatavilla myös muita kieliversioita, jotka ilmoitetaan kunkin julkaisun kohdalla erikseen. Suurin osa tuotoksista on saatavilla myös sähköisinä netissä.
Julkaisuja voi kysellä instituutista sihteeri Mervi Rajalta.