LUT tutkijakoulun tohtoriohjelmat toimivat yliopiston tiedekunnissa. Tohtoriohjelmat toimivat yhteistyössä alla mainittujen kansallisten ja kansainvälisten tohtoriohjelmien kanssa kanssa. Lisätietoja tohtoriohjelmien johtajilta.
Teknillinen tiedekunta
ENERGIATEKNIIKAN TOHTORIOHJELMA (johtaja professori Esa Vakkilainen)
Energiatehokkuuden ja energiajärjestelmien tohtoriohjelma (EES)
Ydintekniikan ja radiokemian tohtoriohjelma (YTERA)
KEMIANTEKNIIKAN TOHTORIOHJELMA (johtaja professori Marjatta Louhi-Kultanen)
Graduate School in Chemical Engineering (GSCE)
International Doctoral Programme in Bioproducts Technology (PaPSaT)
National Graduate School in Informational and Structural Biology (ISB)
KONETEKNIIKAN TOHTORIOHJELMA (johtaja professori Aki Mikkola)
Polymeerien ja polymeeripohjaisten monimateriaalien prosessoinnin tutkijakoulu (POPROK)
Teknillisen mekaniikan tutkijakoulu (TMTK)
Graduate School CE Tampere
LASKENNALLISEN VIRTAUSMEKANIIKAN TOHTORIOHJELMA (johtaja professori Timo Hyppänen)
Laskennallisen virtausmekaniikan tutkijakoulu (CFD), LUT koordinoi
MATEMATIIKAN JA FYSIIKAN TOHTORIOHJELMA (johtaja professori Heikki Haario)
Inversio-ongelmien tutkijakoulu
Laskennallisten tieteiden tutkijakoulu (FICS)
National Graduate School in Materials Physics (NGSMP)
SÄHKÖENERGIATEKNIIKAN TOHTORIOHJELMA (johtaja professori Juha Pyrhönen)
Sähköenergiatekniikan tutkijakoulu (DPEEE), LUT koordinoi
Teknistaloudellinen tiedekunta
TIETOTEKNIIKAN TOHTORIOHJELMA (johtaja professori Joni Kämäräinen)
The East Finland Graduate School in Computer Science and Engineering (ECSE)
Graduate School on Software Systems and Engineering (SoSE)
TUOTANTANTOTALOUDEN TOHTORIOHJELMA (johtaja professori Janne Huiskonen)
The Finnish Doctoral Program in Industrial Engineering and Management (DPIEM)
Kauppatieteellinen tiedekunta
KAUPPATIETEIDEN TOHTORIOHJELMA (johtaja professori Ari Jantunen)
Kauppatieteiden valtakunnallinen jatkokoulutusohjelma (KATAJA)
Lisäksi LUT:n koulutus- ja kehittämiskeskus koordinoi valtakunnallista Metsäklusterin tohtoriohjelmaa (FCDP, koordinaattori TkT Terhi Virkki-Hatakka).