Ympäristölainsäädännön kiristyessä ja tuotteiden puhtausvaatimusten lisääntyessä erotustekniikoiden merkitys on jatkuvassa kasvussa. Erotustekniikka on pitkään ollut osaston tutkimuksen painopistealue. Kaikki osaston laboratoriot ovat mukana erotustekniikan tutkimuksessa. Erotustekniikan tutkimuksen koordinoimiseksi ovat laboratoriot yhdessä perustaneet Erotustekniikan keskuksen (Centre for Separation Technology). Keskuksen tehtävinä on ylläpitää tutkimuksen korkeaa tieteellistä tasoa, kehittää yhteistyötä erotustekniikassa sekä välittää osaamista teollisuuteen. Keskuksella on yli 20 yritysjäsentä, jotka hyödyntävät keskuksen palveluja. Erotustekniikan keskus on useaan otteeseen valittu yliopiston sisäiseksi tutkimuksen huippuyksiköksi. Erotustekniikan sovellukset ulottuvat laajalti elinkeinoelämään. Runsaimmin sovelluksia on metsäteollisuudessa, kemianteollisuudessa, metallurgisessa teollisuudessa sekä ympäristönsuojelussa.
Osaston tutkimusryhmistä kiteytys, suodatus, hydrometallurgia, kromatografia ja membraanitekniikka toimivat lähes puhtaasti erotustekniikan alalla ja muutkin tutkimusryhmät työskentelevät ainakin osittain tällä osaamisalueella. Osastolla onkin maamme monipuolisin erotustekniikoiden osaamiskeskittymä.