Fysiikan laboratorion toiminta keskittyy suurelta osin kansainväliseen yhteistyöhön. Yhteistyötä tehdään sekä tutkimuksen että opetuksen alalla mm. seuraavien instituutioiden ja yliopistojen kanssa.
- St. Petersburg State Electrotechnical University (LETI)
- Ioffe Physical Technical Institute
- Petrozavodsk State University
- St. Petersburg State University
- State Polytechnic University, Saint-Petersburg, Russia
- Kurchatov Institute, Moscow, Russia
- Physical Technical University, Moscow, Russia
- Cheljabinsk State University, Cheljabinsk, Russia
- Petrozavodsk State University, Petrozavodsk, Russia
- Institute of Applied Physics of the Academy of Sciences of Moldova, Chisinau, Moldova
- Kishinev State University, Kishinev, Moldova
- Kursk State University
- Belgorod State University
- Tashkent State University, Tashkent, Uzbekistan
- Tbilisy State University, Tbilisy, Georgia
- The University of Tokyo, Department of Applied Physics
- Swammerdam Institute for Life Sciences, University of Amsterdam
- Institute for Atomic and Molecular Physics, Amsterdam
Kansallista yhteistyötä tehdään opetuksen ja tutkimuksen alalla mm. seuraavien yliopistojen kanssa:
- Itä-Suomen yliopisto, fysiikan laitos, Joensuu
- Turun yliopiston fysiikan laitos sekä kemian laitos
- Oulun yliopiston mittalaitelaboratorio
- Åbo Akademin fysiikan laitos